La Scuola Edmondo De Amicis cuenta con un laboratorio para las clases de Ciencias Naturales. En este se dictan tanto clases teóricas como experimentales de física, química y biología. Los alumnos trabajan en grupos de entre cuatro y seis alumnos y realizan diversos experimentos que complementan su aprendizaje en este área.

Se intenta a través del trabajo experimental acercar a los alumnos a las ciencias. Fomentar la curiosidad, la responsabilidad, la participación, la solidaridad y el compromiso. El trabajo realizado por los alumnos se ha presentado a la comunidad a través de varias Ferias de Ciencias.